Bozma ilamı sonrasında fazla mesai alacağının zamaşamına uğraması

Herkese iyi çalışmalar,
Bir Türk inşaat firmasının yurtdışındaki şantiyesinde çalışmış olan bir müvekkilin kıdem tazminatı, ihbar tazminatı, fazla mesai ve hafta tatili alacaklarının tahsili talepli davamda düzenlenen bilirkişi raporu iki şıklı olarak düzenlenmiştir.
Bilirkişi raporunun ilk şıkkında; müvekkilin aylık net ücretinin 1944 USD olduğu kabul edilerek, ikinci şıkkında ise aylık ücretin 3.500 USD olduğu kabul edilerek hesaplama yapılmıştır.
Raporun ilk şıkkında, dosya içerisine sunulan imzasız ve mesailerle birlikte her ay 3.500 USD'yi tutturacak şekilde düzenlenen bordrolara itibar edilerek hesaplama yapılmış ve dolayısıyla fazla mesai alacağının olmadığına kanaat getirilmiştir. Hafta tatili ücreti bordrolarda gösterilmediği için bu kalem alacağımız 1944 USD üzerinden hesaplanmıştır.
Raporun ikinci şıkkında ise bordrolara itibar edilmeyerek 3500,00 USD üzerinden tüm alacaklarımız hesaplanmıştır.
Dava mahkemesince raporun ilk şıkkına(1944 USD) itibar edilerek ve ıslah için dahi süre verilmeksizin davanın kısmen kabulüne karar verilmiştir.
Kararı temyiz etmemizin yanında zamanaşımı süresinin (hafta tatili ücreti yönünden) yaklaşması ve ıslah yapamamamız nedeniyle dava mahkemesinin kararı uyarınca raporun birinci şıkkına göre ek dava açtık. Aradan 2 yıl geçtikten sonra bozma ilamı geldi ve müvekkilin maaşının 3500 USD olduğuna kanaat getirildi. Bu durumda kafamda beliren soru işaretlerine gelecek olursak;
1) Yerel mahkeme kararı ve bozma ilamı arasında geçen süre içerisinde ikinci şıkka göre hesaplanan fazla mesai alacağımızın çoğu zamanaşımına uğradı ve yaklaşık 6 aylık bir süre için fazla mesai talep etme hakkımız kaldı. Bozma ilamı uyarınca mahkemenin raporun ikinci şıkkına göre karar vermesi lazım ancak fazla mesai alacağımızın çoğu dediğim gibi zamanaşımına uğradı ve davalının da zamanaşımı itirazı mevcut. Bu durumda mahkeme ne şekilde hareket edecektir, ya da benim nasıl bir yol izlemem gerekir?