Protokolde genelde "Taşra teşkilatı ile eczaneler arasında imzalanan sözleşmelerin uygulanmasından doğan uyuşmazlıklarda sözleşmeyi yapan taşra teşkilatının bulunduğu yer mahkemeleri ve icra daireleri yetkilidir." şeklinde bir madde oluyor. Dolayısıyla bu madde var ise eczane ile sözleşme yapan taşra teşkilatının olduğu yer mahkemesi yetkilidir. Mahkeme muhakkak tanık olarak o şahısları dinleyecektir. Eczacı lehine beyanları şarttır. Genelde bu davalarda eş zamanlı olarak ceza davası da açılıyor resmi belgede sahtecilik suçundan.