Algoritmanızın ve programınızın tüm detaylarını bilmeden patent kapsamına girip girmeyeceğini söylemek mümkün değil.

Başvuruyu TPE'ye yapacaksınız:
http://online.turkpatent.gov.tr/web/index.html

Örnek başvuru ve istenen belgeler bu linkte var:
http://www.turkpatent.gov.tr/dosyala...Hazirlanir.pdf

Ancak patent başvuruları marka başvurularından daha karışıktır ve özellikle yazılım algoritması söz konusu olduğunda işler daha da zorlaşabilir, o yüzden kendinizin başvurmasını pek önermem bu konuda uzmanlaşmış bir danışma şirketinden profesyonel yardım almanız daha isabetli olabilir.