Vakıf üniversiteleri de yargı harçlarından muaftır.

2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu’nun 56/b. maddesine göre “Üniversiteler ve yüksek teknoloji enstitüleri genel bütçeye dahil kamu kurum ve kuruluşlarına tanınan mali muafiyetler, istisnalar ve diğer mali kolaylıklardan aynen yararlanırlar.”

Aynı Kanun’un Ek 7. maddesinde ise, vakıflarca kurulacak yükseköğretim kurumlarının, bu Kanun’un 56. maddesinde yer alan mali kolaylıklardan, muafiyetlerden ve istisnalardan aynen istifade edeceği belirtilmiştir.

Harçlar Kanunu’nun 13/j. maddesi uyarınca genel bütçeye dahil idarelerin bu Kanunun 1 (Mahkeme Harçları) ve 3 sayılı tarifelerine giren bütün işlemleri harçtan müstesna tutulmuştur.
Yerleşik Yargıtay içtihatları ile de Üniversitelerin yargı harcından muaf olduğu hükme bağlanmıştır.

Örnek : Yarg. 9 HD, 10.3.2008, 2007/11861, Yarg. 15 HD, 31.10.2007, 2006/2808E., 2007/6803K., Yarg. 15 HD, 17.4.2007, 2006/2261E., 2007/2504K.