Soru sorulalı bir hayli zaman geçmiş ama cevap vermekte fayda var diye düşünüyorum.

İtirazınız henüz karara bağlanmamışken cezayı ödemeniz bir şeyi değiştirmiyor.
İptal kararı, nüfus cüzdanı fotokopisi, cezayı yatırdığınıza ilişkin makbuz ve IBAN numaranızı; yazacağınız bir dilekçeye ekleyeceksiniz ve ceza hangi vergi dairesine yatmışsa o vergi dairesine başvuracaksınız.

Bazı vergi daireleri ellerine karar ulaşınca "hayret verici bir şekilde" sizinle irtibata geçip; evraklarınızı tamamlayın da ödeme yapalım diye, sizi arayabiliyor
Örnek: Kayseri Kaleönü Vergi Dairesi