Sayın izavukat'ın görüşlerine "genel olarak" katılmakla beraber, doğru bir başvuru ile halen marka tescili yapabileceğinizi düşünüyorum.
556 sayılı KHK'nın
23. maddesindeki başvuru şartlarına bakarsanız burada malın/hizmetin aktif hale gelmiş olması yok. Dolayısıyla henüz ticari kullanımı başlamamış proje halinde bir ürün/hizmetin de marka tescilinin yapılabileceğini düşünüyorum.
Bu görüşe katılmasanız dahi, marka tescili için mutlaka bilgisayar programını esas almak da şart değil. Bilgisayar programına vereceğiniz isim aynı zamanda o programın ticari işlevini yürütecek bir projenin de ismi olabilir ve bu isimle o proje için marka tescili yapılabilir. Markanızı proje için tescil ettikten sonra, ileride her zaman size ait bu markayı o projenin bir unsuru (mesela bilgisayar programı) için kullanmanız mümkün.