Bu konuda; www.imarhukukcusu.com sitesine bakmanızı tavsiye ederim.
bu sitede varolan bir Danıştay kararı özeti şu şekilde;
Yapı sahibine para cezası verilebilmesi için idarece ruhsatsız yapılaşmanın veya ruhsata aykırılığın tespit edilmiş olması yeterli olup, ruhsata aykırılığın tesbiti üzerine mevzuata uygunluğun sağlanması için ilgiliye tanınacak sürenin para cezası verilmesi yönünde tesis edilecek işlemle doğrudan bir ilgisinin bulunmadığı gibi ruhsata aykırılığın giderilmiş olmasının da para cezası verilmesine engel teşkil etmeyeceği, ancak para cezası verilmesine neden olan tutanakta ruhsat ve eklerine aykırılık durumunun 3194 sayılı imar kanunu'nda öngörülen düzenlemelere uygun şekilde ortaya konulmadığı anlaşıldığından, dava konusu işlemde hukuka uyarlık bulunmadığı hk. Danıştay Altıncı Dairesinin 20.10.2006 gün ve E:2004/3982, K:2006/4919 sayılı kararı.

imar Kanunu Madde 5 Yapı; karada ve suda, daimi veya muvakkat, resmi ve hususi yeraltı ve yerüstü inşaatı ile bunların ilave, değişiklik ve tamirlerini içine alan sabit ve müteharrik tesislerdir.
Bina; kendi başına kullanılabilen, üstü örtülü ve insanların içine girebilecekleri ve insanların oturma, çalışma, eğlenme veya dinlenmelerine veya ibadet etmelerine yarıyan, hayvanların ve eşyaların korunmasına yarayan yapılardır.
sizin olayınızda mükerrer zabıt yok. çünkü kaçak kata ilave yapılmış. ilave yapıldıktan sonra tekrar zabıt tutulabilir.
ayrıca söz konusu para cezasını ne zaman kesildiği çok önemli zira imar kanunundaki yapılan değişikle 42. maddede ki bazı para cezaları Anayasa mahkemesi kararıyla kalktı.
CEZA HÜKÜMLERİ :

MADDE 42 - Ruhsat alınmadan veya ruhsat veya eklerine veya imar mevzuatına aykırı olarak yapılan yapının yapı sahibine ve müteahhidine, istisnalar dışında özel parselasyon ile hisse karşılığı belirli bir yer satan ve alana (...) (*) Ayrıca fenni mesule bu cezaların 1/5'i uygulanır.

_____

(*) Madde 42 in 1. fıkrasının "... 500 000 TL.'dan 25 000 000 liraya kadar para cezası verilir." bölümü, Anayasa Mahkemesi'nin 5.11.2008 tarih ve 27045 sayılı R.G.'de yayımlanan, 17.4.2008 T., 2005/5 E. ve 2008/93 K. sayılı Kararı ile yayımından 4 ay sonra yürürlüğe girmek üzere iptal edilmiştir.
_____

Birinci fıkrada belirtilen fiiller dışında bu Kanunun 28, 33, 34, 39 ve 40 ıncı maddeleri ile 36 ncı maddenin üçüncü fıkrasında belirtilen yükümlülükleri yerine getirmeyen mal sahibine, fenni mesule ve müteahhide 500.000 TL'dan 10.000.000 liraya kadar para cezası verilir.

sizin durumunuz tam olarak hangisine girdiğini bilmediğim için ancak bu kadar yazabiliyorum.
Saygılar.