Vergi dairesi Müdürlükleri, sadece Vergi mahkemelerinde vergi uyuşmazlıklarında taraf olarak gösterilebilmektedir. Bunun nedeni kanundan kaynaklanmaktadır, 5345 sayılı Kanunun 24'üncü maddesine göre, vergi uyuşmazlıklarını takip ve yargısal işlem yapma yetkisi, vergi dairesi başkanlıklarına, bu başkanlıkların bulunmadığı yerlerde vergi dairesi müdürlüklerine ve aynı Kanunun geçici 5'inci maddesi kapsamındaki vergi dairesi müdürlüklerine aittir.

Ancak İdari ve adli dava ve takiplerde tüzelkişiliği bulunmadığı için taraf ehliyeti bulunmamaktadır. Tüzel kişiliği temsilen hazine veya diğer anlamıyla maliye bakanlığı gösterilmelidir, diye düşünüyorum.

Ayrıca, Vergi uyuşmazlıklarında dahi,16.9.2005 tarihinden sonra açılan davalarda, vergi dairesi başkanlığının kurulduğu illerde, vergi dairesi müdürlüğü taraf olamaz