ceza kanundaki boşluklardan biri

Türk Ceza Kanunu 5.madde - (1) Bu Kanunun genel hükümleri, özel ceza kanunları ve ceza içeren kanunlardaki suçlar hakkında da uygulanır
diyerek Ceza kanununda düzenlenen hükümlere aykırılık teşkil eden tüm durumlarda ceza kanununun uygulanacağı açıkça belirtilmiştir.Fakat;
Türk Ceza Kanununun yürürlük ve uygulama şekli hakkındaki kanun Geçici madde 1'de
Diğer kanunların, 5237 sayılı Türk Ceza Kanununun Birinci Kitabında yer alan düzenle­melere aykırı hükümleri, ilgili kanunlarda gerekli değişiklikler yapılıncaya ve en geç 31 Aralık 2008 tarihine kadar uygulanır denmektedir.Böylece Ceza Kanuna aykırı olan hükümler uygulanabilir durumdadır.
Diğer kanunlardaki hükümler özel kanun hükmünde olacağından bu durumda genel kanun özel kanun çatışmasında uygulanan özel kanunlar mı uygulanacaktır?
Ben bu maddeyi okuduğumda bir türlü işin içinden çıkamadım bana fikirlerinizi söylerseniz sevinirim.