Sayın Özbeksoner;
Öncelikle, "şirket" ile "müdür" arasındaki ilişkinin "hizmet akdi" mi, "vekalet" ilişkisi mi olduğu önemli. Bu ilişki türüne göre şirket ile müdür arasındaki temel borç ilişkisinin (sözlmeşmeye aykırı davranıştaki 5 yıllık temel zamanaşımı süresine rağmen) niteliğine göre zamanaşımı süresi değişebilecektir.
Buna rağmen taraflar arasında bir tür kıvmetli evrak ilişkisinin varlığı da anlalışmaktadır.
Yargıtay 13. Hukuk Dairesi’nin 31.03.1977 gün ve 1977/1254 sayılı kararında vurgulandığı üzere

Alıntı: “Ticari senetlerde keşideci ile lehdar arasında ticari senet ilişkisinden önce kural olarak bir asıl borç ilişkisi bulunur (Ödünç, satış vesaire gibi). Asıl borç ilişkisinin kurulmasından sonra veya borç ilişkisi kurulurken bir ticari senet düzenlenmiş olması Borçlar Kanununun 114. maddesinde sözü edilen yenileme (tecdit) anlamına gelmez. Kambiyo taahhüdünde bulunmakla asıl borç ilişkisinin düşmesi ancak bu hususun senette açıkça yazılmış olması ile mümkündür. Olayımızda böyle bir açıklama bulunmaktadır. O halde davacı ile davalı arasında biri asıl borç (ödünç sözleşmesi), diğeri ticari senet olmak üzere iki hukuki ilişki mevcuttur. Burada hakların telahuku söz konusu olup alacaklı birbirinden ayrı olan bu haklardan birisini kullanmakta serbesttir”

içtihadında bulunmaktadır.
Yargıtay 11. Hukuk Dairesi de 25.04.1978 gün ve 1978/2055 Esas Sayılı kararında

Alıntı: “TTK.nun 557. maddesinde kıymetli evrakta yerleşen hakkın senetten ayrı olarak dermeyan edilemeyeceğine ilişkin hüküm, senedin geçerliliğini koruduğu ve ona dayanma olanağı bulunduğu sürece temel borç ilişkinin dava konusu yapılmayacağı anlamındadır”

içtihadında bulunduğu görülmektedir.
Temel borç ilişkisi yönünden ise Yargıtay uygulaması,

Alıntı: Zamanaşımına uğramış, beyyine başlangıcı olabilecek duruma düşmüş senetler borçlu gözüken davalıya gösterilerek, altlarındaki imzanın kendisine ait olup olmadığı sorulmalı, ikrar durumunda, beyyine başlangıcı sayılarak davacılardan esas borç para verme ilişkisini kanıtlayacak deliller istenmeli, delil ibraz edilmemesi durumunda yemin hakkı kullandırılmalı

(11. Hukuk Dairesi'nin 13.5.1982 gün 1982/2221 E. sayılı kararından) özetlenen bir biçimde yerleşik hale gelmiştir.
Zamanaşımı savunmasının kanuni sürede ileri sürülmesi koşulu ile temel ilişki yönünden de zamanaşımına uğramış bir alacağı talep hakkı ortadan kalmış olacaktır.