Sorunuza ilişkin olarak,bölge çalışma müdürlüğüne değil, işverenin bağlı olduğu vergi dairesine, başvurmanız gerektiğini düşünüyorum.

265 SERİ NO'LU GELİR VERGİSİ GENEL TEBLİĞİ
Resmi Gazete Sayısı 26720 Resmi Gazete Tarihi 04/12/2007

ve özellikle,tebliğin;
10.2. Ödenmesi Gereken Gelir Vergisinin Eksik Hesaplanması Halinde Uygulanacak Cezai Müeyyideler
başlıklı bölümünü incelemenizi öneririm.

Tebliğ ekinde yer alan
http://www.gib.gov.tr/fileadmin/user...ile_durumu.pdf
işverene verilip verilmediği sorunun çözümlenmesinde belirleyici olacağını düşünüyorum.