sorunuz tama anlaşılamamakla beraber (uyuşmazlılığın neye ilişkin olduğu noktasında )eğer dediğiniz gibi işyeri hekimliği sözleşmesi ise SSK lı olmasına da gerek olmaksızın bence İş Mahkemesinde bakılabilir.Çünkü devlet hastanelerinde çalışırken işyeri hekimliği yapan ve emekli sandığına tabi bir hekim, alacaklarına ilişkin İş Mahkemesinde dava açtı ve herhangi bir sorun çıkmadı görev yönünden. O nedenle İş Mahkemesinde açmanız gerektiği kanaatindeyim. Kolay gelsin.