Sorularınıza sırasıyla yanıtlamaya çalışacak olursak:

1.)Karşı taraf yargılama sırasında kendi ticari defterlerini sunacaktır.(Ticar defterlerin tasdiklerinin usulüne uygun yapılıp yapılmadığına dikkat etmek gerekir )Davacı alacaklının bu konuda ticari defterlerinin delil niteliğinde sayılabilmesi için ,davalı ve davacı defter kayıtlarının birbirini doğrulaması zorunludur.Bahsedilen fatura , davacı şirket defterlerinde görünmesine rağmen ,davalı şirket defterleirnde görünmüyorsa ,artık söz konusu fatura açısından davacı şirket defterlerinin kanıt güçünden bahsedilemez.Bu sebeple sözkonusu fatura da davalı şirkete tebliğ edilmediğinden, fatura alacağı kanıtlanamamış sayılır.Diğer sorunuz açısından ise ,sözkonusu bononun fatura alacağı için keşide edildiğini ispat yükümlülüğü size ( yani davalı şirkete ) düşer.Davacı şirket, "bono" başka bir borç için alınmıştır savunmasında bulunabilir.BU durumda o bononun ticari defterlerinde kayıtlı olup olmadığını kontrol etmek gerekecektir.
2.)Her ne kadar her iki taraf tacir olsa bile , eğer ki dava konusu meblağ parasal sınır itibariye sulh hukuk mahkemesi görevine giriyorsa davaya Ticaret Mahkemesinde değil Sulh Hukuk Mahkemesinde bakılır ( 1/1/2007 itibaren sınır 5.910,00 YTL)
3.)İmza eksikliği sebebiyle , kanuni noksanlık bulunduğunu ilk itirazını yapıp "Dava dilekçesinin reddini" talep edebilirsiniz.