Sorunuz gerçekten güzel ve yanıtı detaylı bir incelemeyi gerektiriyor.. Öncelikle bir kaç sorunun aydınlanması gerekli:
1)Zamanaşımına uğramış senedin hukuki vasfı nedir?
Zamanaşımına uğramış senetle yapılan adi takipte kambiyo takibi kuralları uygulanabilir mi?
2)Bir hukuki ilişki için kambiyo senedi düzenlenmesinin hukuki sonuçları nelerdir?
3) Borçlunun İcra takibi ile temerrüte düşürebilmesinin şartları nelerdir?

Bu ön-Sorunlara cevap bulabilirsek belki asıl soruna daha doğru yaklaşabiliriz.

1.Öncelikle, zamanaşımına uğramış senet "adi senet"e dönüşmez, ancak asıl alacak için açılacak bir davada "yazılı delil başlangıcı" olabilir.Adi takip için belgeye dayanmaya gerek yoktur.Yalnız, Yüksek mahkeme kararlarına göre bir kambiyo senedini adi takiple icraya koymak onun kambiyo vasfını değiştirmez ve takibe TTK'daki zamanaşımı kuralları uygulanır.
2.Bir hukuki ilişki için kambiyo senedi düzenlenmesi "yenileme" anlamına gelmez.Bu nedenle ortada iki adet ve birbiriyle "yarışan" hukuki ilişki doğmakta ve alacaklı her ikisine de başvurmakta muhayyer bulunmaktadır.Her ne kadar kıymetli evraktan doğan hak ondan ayrı olarak ileri sürülemese de, bu kural kıymetli evraka dayanabilme hakkı sürdükçe geçerlidir.
3.İcra takibinin borçlar hukuku açısından meydana getirdiği sonuçlardan biri de borçlunun "temerrüte" düşürülmesidir.Ne var ki, borçlunun icra takibi ile temerrüte düşürülebilmesi için takip tarihinde geçerli borcunun bulunması gerekmektedir.

Soruya konu olayda alacaklı taraf zamanaşımına uğramış alacağını adi takiple talep etmiştir. Zamanaşımına uğramış bono kıymetli evrak olma vasfını yitirdiğinden ve kambiyo hukukundan doğan haklar yitirildiğinden (TTK'ndaki 1 yıl içinde açılacak sebepsiz zenginleşme davası müstesna)alacaklının bu takibi devam ettirmekte haklılık payı yoktur. Bu nedenle ilgili senetle yapılan takiple karşı taraf temerrüte düşmemiştir.Kaldı ki kambiyo hukukundan doğan hukuki ilişki ile temel ilişki birbirinden farklıdır.Nihayetinde açılan dava da, itirazın iptali davası olmayı bir alacak davasıdır ve karşı tarafın mukakemeye muhtaç bir husus için bu şekilde bir takiple temerrüte düşürülmüş sayılması kanımca hukuka uygun değildir.