İş Mahkemeleri Kanunu'nun 1. maddesine göre işçi ile işveren arasındaki iş ilişkisinden doğan uyuşmazlıklarda iş mahkemeleri görevlidir.

Alıntı: İş Kanununa göre işçi sayılan kimselerle (o kanunun değiştirilen ikinci maddesinin Ç, D ve E fıkralarında istisna edilen işlerde çalışanlar hariç) işveren veya işveren vekilleri arasında iş akdinden veya iş Kanununa dayanan her türlü hak iddialarından doğan hukuk uyuşmazlıklarının çözülmesi ile görevli olarak lüzum görülen yerlerde iş mahkemeleri kurulur.

Fazla ödenen kıdem tazminatı için ise sebepsiz zenginleşme hükümlerine göre 1 yıl içinde dava açılması gerektiğini düşünüyorum.

Eda davası açılacak hallerde tespit davası açılamaz şeklinde ki hüküm gereği davayı eda davası olarak açmanız gerekmekte olup, Pekcanıtez/Atalay/Özekes Hocaların görüşüne göre bu tür alacak davalarının kısmi olarak açılmasında hukuki yarar olmadığından tam dava olarak açılması gerekmektedir.
ancak bu görüş yıllardır var ve uygulamda işçi alacakları için hala kısmi davalar açılmakta. eğer fazla ödediğiniz miktarı hesaplayabiliyorsanız tam dava olarak açın, bilirkişi raporu sonrası eksik kısım için ıslah yapmanızın engel teşkil edeceğini düşünmüyorum. Fakat davayı 100TL gibi pilot şeklinde açmanız halinde hakim talebinizi tamamlamanızı isteyebilir.
işverenin kıdem tazminatını hesaplayamayacağını MK 2 çerçevesinde pek mümkün gözükmediğinden belirsiz alacak davası açamazsınız.