Taraflar kira sözleşmesinde kararlaştırılan tutarın brüt tutar olduğunu vurgulamışlarsa, bu tutar üzerinden stopajın hesaplanması, başka deyişle bu tutardan verginin kesilmesi ve bakiyenin kiraya verene ödenmesi gerekmektedir. Buna karşılık taraflar sözleşmede kira bedelinin net olduğunu belirtilmiş ve stopajın bu net tutarın dışında kiracı tarafından ayrıca karşılanacağı belirtilmiş ise kiracının önce bu tutarı brütleştirmesi ve bu brüt tutar üzerinden stopaj yapması gerekmektedir. Bu duruma örnek verecek olursak aylık kira tutarının 1.000,- YTL olması durumunda stopaj hesabında brüt tutar 1.250,- YTL olması gerekmektedir.
Kira sözleşmelerinde belirtilen kira bedelinin brüt mü, yoksa net mi olduğu yazılmamış ise kararlaştırılan kira bedelinin brüt olduğunu kabul etmek gerekmektedir. Bu durumda kira sözleşmesinde belirtilen tutardan evvela stopajın kesilmesi geri kalan tutarın mal sahibine ödenmesi söz konusudur.
Kira sözleşmeleri ile alakalı olarak vergi yükümlülüğünün karşımıza çıkan ikinci olayı Katma Değer Vergisi (KDV) dir. Bilindiği üzere Katma Değer Vergisi Kanunu 1. maddesinde, verginin konusuna Gelir Vergisi Kanunu'nun 70. maddesinde sayılan mal ve hakların kiraya verilmesi de dahil etmiştir. Dolayısıyla, gayrimenkul kiralamalarının tamamı bu verginin konusu içerisinde kalmaktadır.
Ancak Katma Değer Vergisi Kanunu'nun 17. maddesinde, iktisadi işletmelere ait olmayan gayrimenkullerin kiralanması işlemleri vergiden istisna edildiğinden, sadece iktisadi işletmelere dahil gayrimenkullerin kiraya verilmesi işlemleri katma değer vergisine tabidir.
Bu verginin yükümlüsü de, mal sahibidir. Ancak kiraya veren, her zaman bu vergiyi kiracısına yansıtabilir. Verginin yansıtılıp yansıtılmadığı sorununun çözümü de, yine vergi hukukunda değil, taraflar arasında kurulu kira ilişkisindedir.
Taraflar arasında imzalanan kira sözleşmesinde, kiracı tarafından KDV'nin ayrıca ödeneceği belirtilmiş veya sözleşmede kira bedeline "KDV hariç" ibaresi yazılmış ise kiracı kira bedelinin dışında KDV tutarı kadar bir meblağı daha mal sahibine vermek zorundadır. Burada kiracının ödeyeceği bu ek meblağ, özünde vergi değil, kira borcunun bir kısmıdır. Dolayısıyla bu meblağın ödenmemesi, kiracının kira borcunun ifasında temerrüdünü ifade eder. Bunun müeyyidesi de, Gayrimenkul Kiraları Hakkında Kanun, Borçlar Kanunu ve İcra İflas Kanunu'nda yer almıştır.
Buna karşılık kira sözleşmesinde kira bedelinin KDV dahil tutar olarak belirlendiğine ilişkin bir açıklamanın yer alması veya bu konuda hiçbir açıklamanın yer almaması halinde, kira bedelinin KDV tutarını da içerdiğini kabul etmek gerekmektedir. Bu nedenle bu gibi hallerde kiraya veren, kiracısından kira bedelinin dışında ayrıca bir ödeme talep edemez.